学会的执行机构为理事会。秘书处是学会常设办事机构，执行学会的各项决议，在理事会休会期间授权秘书长主持开展日常工作。根据学会工作实际开展情况，秘书处常设机构：综合办公室、分会会员部、学术培训部、事业发展部、科技评审部。

（一）综合办公室

1、负责全国会员代表大会、学会理事会、常务理事会等有关会议的组织。

2、组织制定秘书处有关工作制度并督促实施,负责公文运转、印章管理、档案总目录管理等工作。

3、负责学会财务管理，财务决算、税务年报、学会年检工作及各分会财务专户的管理。

4、负责秘书处工作人员工资、奖励、福利、劳务、保险等管理工作。

5、负责签订学会理事单位协议书，印发批文，发放理事单位证书、标牌，清理注销理事单位等。

6、负责制修订会费收缴办法及学会理事单位（团体会员单位）会费和个人会费收缴归口管理工作。

7、负责学会理事、常务理事、副会长推荐表的发放登记和增补、退出、注销等工作。

8、负责秘书处工作人员出勤考核。

9、负责学会各分会综合性方面的考核工作。

10、负责本部门档案的整理保存。

（二）分会会员部

1、负责修订分会《成立、换届流程与要求》及分会筹备、成立和换届等工作。

2、负责修订《分会管理办法》并组织实施。

3、负责分会理事会人员和个人会员信息造册及证书的发放、管理、上网查询等工作。

4、负责分会日常组织建设管理工作，包括充实民族医药人员，办理理事会人员调整、辞职、增补等相关工作。

5、负责指导督促各分会秘书处的建设工作。

6、负责分会组织建设方面的考核评估。

7、负责各分会档案的整理保存。

8、负责分会年度工作评估情况汇总反馈。

9、负责催缴各分会团体会员单位及各分会发展的理事单位会费及各分会个人会员费。

10、负责分会通讯录完善更新。

11、负责本部门档案的整理保存。

（三）学术培训部

1、负责审核制定各分会年度学术活动计划并督促执行。

2、负责修定《分会学术活动管理办法》、《学组建设管理办法》、《科研立项管理办法》、《继续教育项目管理办法》等相关制度并组织实施。

3、负责各分会举办学术会议和培训活动的指导管理工作。

4、负责国家级继续教育项目的申报、审核及获批项目的指导管理工作。

5、负责学会级继续教育项目的审核、公布执行、管理。

6、负责组织管理各分会学组建设及其相关活动。

7、负责组织管理学会科研项目工作。

8、负责学会主办、指导的报刊的管理协调工作。

9、负责各分会学术活动、学组建设、继教项目的评估考核工作。

10、负责本部门档案的整理保存。

（四）事业发展部

   1、负责民族医药标准化基地建设的指导管理工作。

   2、负责组织指导民族医药标准规范的制修订工作。

   3、负责民族医药标准规范的发布工作。

   4、负责各民族医药分会标准化立项进度的考核工作。

   5、负责政府部门交办的相关工作。

   6、负责组织相关专家开展政策法规学术等方面咨询论证。

 7、负责本部门档案的整理保存。

（五）科技评审部

1、负责制修订科学技术奖、学术著作奖、表彰活动等规章制度。

2、负责学会科学技术奖、学术著作奖的评选工作。

3、负责组织学会表彰活动。

4、负责学会网站的日常管理和分会相关信息的上传。

5、负责学会组织编撰著作的组织协调工作。

6、负责本部门档案的整理保存。